Unutarnjim ustrojstvom i načinom rada Muzej grada Koprivnice podijeljen je u 3 ustrojstvene jedinice (odjeli):
- Odjel upravno-administrativnih i zajedničkih poslova
- Odjel muzejskih zbirki
- Odjel tehničkih poslova
U Odjelu upravno-administrativnih i zajedničkih poslova izvršavaju se pravni, računovodstveni i administrativni poslovi vezani za djelatnost Muzeja te zajednički stručni poslovi koji se tiču aktivnosti vezanih uz: razvoj publike, osmišljavanje, provođenje i evaluaciju pedagoško-edukativnih programa, rad specijalne muzejske knjižnice, konzervatorsko-restauratorske radove, veću javnu vidljivost, marketing i odnose s javnošću, te vođenja sekundarne i tercijarne muzejske dokumentacije.
Knjižnica
Pedagoška služba
Muzej kroz rad Odjela muzejskih zbirki ostvaruje temeljne muzeološke funkcije kao javne ustanove u kulturi. Zbirkama rukovode i upravljaju kustosi koji se bave sakupljanjem muzejske građe, njenom sistematizacijom u okviru zbirki i drugih fondova, stvaranjem i administracijom muzejske dokumentacije, stručnom i znanstvenom obradom muzejske građe i muzejske dokumentacije, osmišljavanjem i realizacijom izložbenih aktivnosti, korisničkim uvidima i drugim aktivnostima sukladno zakonima, pravilnicima i drugim propisima. Pokriva se veći broj temeljnih znanstvenih disciplina poput arheologije, etnologije, povijesti umjetnosti, povijesti te prema potrebi druga humanistička i prirodoslovna područja. Muzejske zbirke razvrstane su prema srodnosti u:
Arheološke zbirke
Etnografske zbirke
Povijesne zbirke
Kulturno-povijesne zbirke
Umjetničke zbirke
U Odjelu tehničkih poslova smješteni su tehnički poslovi kao podrška programskim aktivnostima koje se razvijaju u drugim ustrojstvenim jedinicama. Riječ je o poslovima održavanja objekata, preventivne zaštite muzejske i knjižnične građe i dokumentacije, manipulativni poslovi na muzejskim zbirkama i pomoćni poslovi koji prethode njihovoj prezentaciji u bilo kojem obliku.
